Vedle technických změn a úprav designu byl větším inovacím podroben také interiér.
Změny v souvislosti s modelovým rokem 2005 se projevily na celém voze a jejich cílem bylo zatraktivnit a oživit nabídku této úspěšné modelové řady. Nejvýraznější změnou vnějšího designu inovované Fabie je nový přední nárazník. Od dosavadního se liší především oblejšími tvary a novým řešením otvorů pro vstup vzduchu ve spodní části. V krajních otvorech bylo rovněž vytvořeno místo pro mlhové světlomety, které mají nově kruhový tvar. Upravená byla také maska chladiče, kde byl změněn především tvar lamel mřížky masky. Došlo také k úpravě zadních skupinových světel, jejich nový design ještě více opticky rozšiřuje zadní část vozu. K oživení vnějšího vzhledu přispívá i nová nabídka velkoplošných krytů kol, příp. nových kol z lehkých slitin. Rozšířená byla rovněž škála bezpříplatkových „uni“ barev, kterou budou tvořit: bílá Candy, červená Corrida, modrá Dynamic a zelená Petrol. Zákazník si může dále zvolit z celkem osmi metalických barev.
Velká pozornost byla věnována interiéru. Kompletně byl změněn jeho barevný sortiment s možností volby hned z několika barevných provedení, čímž došlo k oživění a k zatraktivnění vzhledu vnitřku vozu. Pro všechny potahové látky (kromě provedení Junior a RS) byly použity zcela nové druhy materiálů a barev. Došlo také k modifikaci přístrojové desky, která je vyrobena z kvalitního materiálu tzv. technologií „slush“, v současnosti běžně používané spíše ve vozech vyšších tříd. Upraven byl povrch přední části desky pod čelním sklem a zcela byla přepracována konstrukce kontrolních přístrojů, jejichž design více koresponduje s ostatními modely značky Škoda. Na přístrojové desce je rovněž osazen nový ergonomicky tvarovaný volant.
Upravena byla i nabídka výbav – v souvislosti s tím dochází ke změně názvu středního výbavového stupně Comfort na Ambiente. Škoda Fabia se tak v současnosti nabízí v těchto verzích výbavy: základní Junior a Easy, dále Classic, Ambiente a Elegance a sportovně laděná varianta RS. Standardní výbava byla rozšířená mimo jiné i o třetí hlavovou opěrku s tříbodovým bezpečnostním pásem vzadu uprostřed. Nabídka mimořádných výbav obsahuje také prvky jako například xenonové světlomety s automatickou regulací nastavení sklonu, parkovací senzor nebo navigační systém s dynamickým modulem, který nyní umožňuje komunikovat také v českém jazyce (ve spojení s novým navigačním CD ČR).
Doporučená prodejní cena vozů Fabia v provedení modelového roku 2005 začíná na českém trhu již od 224.900 Kč (model Fabia Junior 1.2 HTP/40 kW), základní cena modelu Fabia Easy je 247.900 Kč a verze Fabia Classic 1.2 HTP/40 kW – 262.900 Kč. Škoda Fabia je i nadále, jako jeden z mála vozů ve své třídě nabízen ve třech verzích karoserie – hatchback, sedan a kombi.
